납세의무자는 유수(流水)를 이용하여 직접 수력발전(양수발전 제외)을 하는 자, 지하수를 개발하여 음용수로 제조 · 판매하거나 목욕용수로 활용하는 등 지하수를 이용하기 위하여 지하수를 채수하는 자, 지하자원을 채광하는 자, 컨테이너를 취급하는 부두를 이용하여 컨테이너를 입출항하는 자, 원자력을 이용하여 발전을 하는 자이다.

발전용수의 경우는 발전소의 소재지를 관할하는 도에서 부과하고, 지하수의 경우는 채수공의 소재지를 관할하는 도에서 부과하며, 지하자원의 경우는 광업권이 등록된 토지의 소재지를 관할하는 도에서 부과한다. 다만, 광업권이 등록된 토지가 2 이상의 도에 있을 경우에는 광업권이 등록된 토지의 면적에 따라 안분한다. 그리고 컨테이너에 대한 지역자원시설세는 컨테이너를 취급하는 부두를 관할하는 도에서 부과하며, 원자력발전에 대한 지역자원시설세는 발전소의 소재지를 관할하는 도에서 부과한다.